بعد أن كانت علاقات الشيعة متميزة مع نظام القذافي، تغيرت الأمور في ليبيا بشكل مفاجيء و عالي الوتيرة، بدايةً بقتل اثنين من الشيعة من قبل بعض الثوار، كذلك اعتقال أحد عشر فرداً من الهلال الأحمر الإيراني في بنغازي ومقايضتهم بسجناء ليبيين في العراق.
ثم فتوى مفتي عام ليبيا " الصادق الغرياني " وصف فيها الشيعة بالزنادقة الكفار ، ثم اتهامات الحكومة الليبية لإيران بأنها "عميلة لأزلام القذافي" و التضييق على عمل بعثتها القنصلية.
بعد ذلك أصدرت الحكومة الليبية قراراً بمنع دخول الإيرانيين لليبيا، والتحذير من الجنسيات اللبنانية ومنع دخولهم لليبيا حال وجود تأشيرة دخول لدولة إيران.
وكذلك قيام الدولة بمراقبة اللاجئين السوريين وتكليف ضباط من الجيش السوري الحر بمتابعة اللاجئين خوفاً من انتمائهم للفرق الشيعية.
إضافةً لفتوى دار الإفتاء بتحريم الزواج من الشيعة والحظر على المشايخ منح عقود الزواج من الشيعة.
وفي القمة العربية التي عقدت مؤخراً في الدوحة ألقى رئيس الحكومة الليبية "علي زيدان" كلمة ليبيا في القمة وجاء فيها لأول مرة وصف الجزر الإمارتية الثلاث
" بالمحتلة من قبل دولة إيران ".