تتحكم الغدة الصنوبرية في ايقاع الجسم بصورة عامة …. وهي تعمل في تناغم شديد مع مهاد المخ ( الهيبوثلامس ) حيث يتحكم الضوء في كم وافراز هذه الغدة ..فتفرز هرمون الميلاتونين
كما تحتوي الغدة الصنوبرية علي خريطة كاملة لحقل و مجال الرؤية من كلا العينتين مما ينبهها للتحكم في افراز الميلاتونين عن طريق كمية الضوء الداخلة اليها …لذا تعارف العلماء علي تسميتها بالعين الثالثة
ففي الضوء ترسل العين سيالا عصبيا معينا الي الهيبوثلامس و الذي بدوره يعيد ارسال السيال الي الغدة الصنوبرية .. فيقل افراز هرمون الميلاتونين
بينما في الظلام يقل افراز هذه السيالات العصبية و بالتالي يزداد افراز هرمون الميلاتونين …لذ سمي هذا الهرمون ب ” هرمون الظلام ” ولهذه الأسباب فالغدة الصنوبرية تعمل كساعة بيولوجية داخل جسم الانسان تنظم له وقت النوم و الاستيقاظ … الخ .
وهذا يفسر لنا لماذا يحتاج الفرد لعدة أيام للتأقلم مع فرق التوقيت عند السفر من دولة الي أخري ..فبتغيير وقت النوم و الاستيقاظ يضطرب افراز الميلاتونين المعتاد .. مما يحتاج لفترة للتأقم
بذلك تنظم الغدة الصنوبرية الجسم بشكل عام حتي في رغبات الانسان من العطش أو الجوع أو الرغبة الجنسية فهذه الاحتياجات كلها تتأثر بمستوي الميلاتونين في الدم أما في الحيوانات فالغدة الصنوبرية بالاضافة لهذا تنظم الرغبة الجنسية علي فترات متباعدة فيما يعرف بمواسم التزاوج. وحاليا أنتجت بعض شركات الأدوية هرمون الميلاتونين كهرمون يساعد علي تنظيم فترات النوم