وأعلن في كانون الثاني (يناير) من عام 2004 تجميد أنشطة أربعة فروع لمؤسسة الحرمين في إندونيسيا وكينيا وباكستان وتنزانيا. وتلا ذلك اقتحام مكتب المؤسسة في أمريكا وتجميد نشاطه، إلى أن تقرر حل مؤسسة الحرمين، وأعلن في وقت لاحق حظر نشاط خمسة فروع إضافية للمؤسسة بسبب ما وصفته الولايات المتحدة بالدعم المالي واللوجستي الذي قدمته لـ"القاعدة" ومنظمات أخرى.
كما وضعت الولايات المتحدة أسماء عدد من مسؤولي المؤسسة ضمن لائحة ممولي الإرهاب، و وقف كل معاملاتهم المالية وتجميد أي أصول لهم .
واستمر مسلسل الإساءة للمؤسسة حتى جاء اليوم 16 سبتمبر 2016 وأسقطت وزارة الخزانة الأمريكية اسم المؤسسة من التصنيف، والذي كان يفتقر إلى أي دليل سوى قصاصات من أخبار صحفية، والتي لم تقنع في وقت سابق لجنة العقوبات في مجلس الأمن، فأسقطت المسؤولين واسم المؤسسة من قائمة دعم الإرهاب وأحداث الحادي عشر من سبتمبر.
المواضيع المتشابهه 
بوادر انفراج العلاقات السعودية الامريكية بعد وصولها الى مراحل حرجة ؟ 
العرض الشجري
